A proximidade entre a UNE e o governo federal é um dos aspectos mais criticados por grupos insatisfeitos com os rumos da entidade. Além da defesa de muitas das políticas governamentais, a questão do repasse de verbas federais para a entidade é apontada por muitos como um fator a minar a postura contestatória que historicamente foi a marca da UNE. Segundo dados do Sistema Integrado de Administração Financeira (Siafi), em 2008 foram repassados R$ 4,4 milhões diretamente para os cofres da entidade.
Destes, quase R$ 3 milhões sob a rubrica "Gestão da Política de Saúde", do Ministério da Saúde, e o restante em outras como "Cultura, Identidade e Cidadania" e "Engenho das Artes", do Ministério da Cultura. Oficialmente, são recursos que auxiliam a entidade a realizar iniciativas de interesse público como a "Caravana da Saúde da UNE" e eventos culturais.
"O problema não é contestar ou não o governo", avalia Vladimir Palmeira (PT-RJ), um dos principais líderes do movimento estudantil nos anos áureos da UNE, na década de 1960. "Não é uma questão específica da UNE. O conjunto das vanguardas políticas estudantis há muito não consegue dar soluções para o movimento. Elas reproduzem experiências do passado e formulam demandas inadequadas que pouco tem a ver com o cotidiano do estudante."
Segundo Palmeira, outro problema é que alguns líderes do movimento se afastam dos estudantes porque estão mais interessados em utilizar a entidade como uma espécie de trampolim para uma carreira política.
"Às vezes, o líder estudantil só está interessado em fazer uma pré-carreira política e ser eleito vereador ou algo parecido logo", critica. "É preciso discutir como a universidade vai interagir com a sociedade e como vai servir ao desenvolvimento do País. Mas essa reflexão hoje é abaixo da crítica."
